Amigo cuidado ! Você fez 4 posts seguidos ! E como eu disse ainda esta na fase de testes !! E pelo que eu vi algumas coisas que você relatou não são bugs ! Olha:

Os icones repetidos todos os arquivos que podem ser executados pelo sistem tera esse icone ! O icone do pode ser bug do novo z6manager ! E não entendi a parte que os icones dos aps não mudam ! Flws

Edit:
Popup Ok !