Um meteoro do espaço cai na Terra, colidindo com um campo de gelo. Professor Lund e a tripulação dele (inclusive o filho de Lund, Tory) estavam observando e estudando os Pokemon no campo de gelo quando os meteoritos caem. Da neblina e do estrondo emerge um Pokemon novo, Deoxys. Mas assim que acontece esse aparecimento, aparece outro Pokemon, Rayquaza, e Professor Lund e Tory olham uma batalha de climactic entre os dois titãs. Quatro anos depois, Ash, Pikachu, e amigos chegam na cidade de alta tecnologia de Larousse, pronto batalhar na famosa torre de batalha da cidade. Eles descobrem Tory que é cicatrizado pelo encontro prévio dele com um misterioso Pokemon (Deoxys) e é agora completamente amedrontado. Da mesma maneira que Ash e companhia estão tentando ajudar Tory a superar o medo dele, Deoxys reaparece.
O que quer Deoxys? Qual é o seu segredo? Está curioso? Nas ruas de alta tecnologia de Cidade de Larousse, aparecerão as respostas! Você está pronto para a maior aventura Pokemon?